Clo có thể giết chết các vi sinh vật có lợi trong đất, do đó ảnh hưởng đến sự phát triển của cây trồng; tuy nhiên, hầu hết nước uống được khử trùng bằng clo không đủ đậm đặc để ảnh hưởng xấu đến đời sống thực vật trong một khu vực nhất định. Điều này là do tốc độ sinh sản của vi sinh vật trong đất quá cao nên chúng có xu hướng sinh sản trở lại trước khi thực vật có thể bị ảnh hưởng tiêu cực bởi đất.
Hầu hết các cộng đồng đều thêm một lượng nhỏ clo vào nước uống để đảm bảo an toàn cho cư dân. Nước uống thông thường không chứa lượng clo đủ cao để loại bỏ thực sự các vi sinh vật có lợi trong đất, do đó ảnh hưởng đến sự phát triển của cây trồng một cách tối thiểu. Các vi sinh vật có lợi được tìm thấy trong đất sinh sản với tốc độ cao như vậy, làm cho ảnh hưởng của nước được khử trùng bằng clo.
Clo cũng liên kết với bề mặt của các phần tử đất, làm giảm khả năng tiêu diệt vi sinh vật có lợi của clo. Ngoài ra, khi nước clo chảy xuống tầng đất thấp hơn, clo liên kết với bề mặt của các phần tử đất đó, có nghĩa là nước chứa ít clo hơn khi nó di chuyển xuống. Các nghiên cứu cho thấy đất bị nhiễm nước uống có clo chỉ làm giảm vi sinh vật ở 1/2 inch phía trên của đất. Các vi sinh vật ở tầng đất sâu hơn 1 inch không bị ảnh hưởng bởi clo.
