Trong công thức phân tử, chỉ số con được viết ngay sau chữ cái biểu thị một nguyên tố và đề cập đến số lượng nguyên tử mà nguyên tố đó có. Công thức phân tử hoặc công thức thực nghiệm, được ghi chú là một chuỗi các chữ cái và số đại diện cho một hợp chất hoặc một phân tử. Mỗi chữ cái trong công thức tượng trưng cho một nguyên tố trong bảng tuần hoàn các nguyên tố.
Ví dụ, carbon monoxide được viết là CO, trong khi carbon dioxide được viết dưới dạng CO2. Số hai là chỉ số dưới, biểu thị có hai nguyên tử oxy trong hợp chất. Nếu ký hiệu của một nguyên tố không có chỉ số con, chẳng hạn như trong CO, thì người ta giả định rằng chỉ có một nguyên tử của mỗi nguyên tố.