Thực vật loại bỏ chất thải thông qua một quá trình gọi là bài tiết. Các chất thải khác nhau được bài tiết theo những cách khác nhau.
Thực vật phân hủy các chất thải với tốc độ chậm hơn nhiều so với động vật. Chúng chuyển đổi rất nhiều chất thải của chúng thành các chất hữu ích thông qua quá trình quang hợp. Các chất thải ở thể khí được thải ra ngoài trong quá trình hô hấp qua khí khổng và thành tế bào rễ của cây. Vào ban đêm, khi quá trình quang hợp không thể xảy ra, lượng nước dư thừa sẽ được thải ra ngoài qua các ngọn lá.
Các chất thải khác được thải ra khi lá và hoa rụng trên cây. Ngoài oxy, nước và carbon dioxide, các chất thải thực vật khác bao gồm nhựa, bao bì, cao su và tanin. Một số sản phẩm này được thải vào đất xung quanh cây.