Enzyme tăng tốc độ phản ứng hóa học bằng cách giảm tốc độ hoạt hóa. Nói chung, năng lượng hoạt hóa mà phản ứng thế có càng thấp thì tốc độ phản ứng càng nhanh. Các enzym thay đổi hình dạng trong quá trình phản ứng, điều này cho phép chúng giảm tốc độ kích hoạt một cách hiệu quả.
Khi các enzym thay đổi hình dạng, quá trình này được gọi là sự phù hợp cảm ứng. Trong quá trình này, các enzym về cơ bản trải qua các biến đổi vật lý để liên kết với các enzym khác trong các phản ứng hóa học. Các enzym này kết hợp với nhau với các enzym tương tự để tạo thành các phản ứng hoàn chỉnh, giống như quá trình hoàn thành một câu đố. Enzyme cũng chứa các điểm nóng, hoặc các vị trí hoạt động, là những vị trí trên bề mặt enzyme cho phép các chất nền liên kết. Các địa điểm này cũng đóng vai trò là địa điểm tổ chức cho các phản ứng hóa học diễn ra: các địa điểm này là nơi tập trung hoạt động và hoạt động giống như ga tàu hoặc bến xe buýt, cho phép diễn ra các hoạt động trao đổi quan trọng. Các phản ứng hóa học này xảy ra trên bề mặt của các enzym, đó là nơi các chất nền liên kết. Các vị trí hoạt động của enzyme được ổn định bởi nhiều phản ứng yếu hơn (chẳng hạn như tiếp xúc kỵ nước, liên kết hydro và tương tác tĩnh điện) cuối cùng cho phép chúng hỗ trợ các phản ứng hóa học nhanh chóng. Các phản ứng hóa học cũng đòi hỏi sự thay đổi bên trong: điều này có thể thực hiện được nhờ sự hình thành các chất nền bên trong các enzym, các chất này trồi lên bề mặt và liên kết với các vị trí hoạt động.
