Quá trình phú dưỡng của hệ sinh thái dưới nước có thể bị chậm lại hoặc đảo ngược bằng cách làm chậm quá trình bổ sung chất dinh dưỡng vào hệ thống. Các nguồn chất dinh dưỡng dư thừa có thể bị chặn không cho xâm nhập vào hệ sinh thái bị ảnh hưởng. Ngoài ra, những nguồn này có thể được xử lý để loại bỏ chất dinh dưỡng tại một điểm ở thượng nguồn của hệ sinh thái bị ảnh hưởng.
Các vùng nước trở nên phú dưỡng do sự gia tăng các chất dinh dưỡng có sẵn, phổ biến nhất là phốt pho và nitơ. Một số dòng chất thải có hàm lượng dinh dưỡng cao vô tình xâm nhập vào sông hồ; những người khác được cố tình vứt bỏ như một phương tiện để loại bỏ các vật liệu không mong muốn. Các nguồn dinh dưỡng phổ biến là phân nông nghiệp và phân bón chảy tràn và nước thải thành phố.
Các biện pháp canh tác, chẳng hạn như giảm làm đất, giảm bón phân và che phủ cây trồng, giúp giảm thiểu lượng phân bón chảy tràn xảy ra. Hàng rào và các vùng đệm thực vật ngăn không cho phân bón tan trong đất và nước ra khỏi ruộng nông nghiệp và đi vào các hồ và suối. Các nguồn phân nông nghiệp được chứa đựng, xử lý và quản lý đúng cách và không chảy trực tiếp vào sông hồ sẽ giúp ngăn ngừa hiện tượng phú dưỡng. Điều quan trọng nữa là không cho gia súc và các gia súc khác chăn thả gần hoặc đi ngang qua suối và sông. Chủ nhà tư nhân có thể giảm lượng phân bón cỏ mà anh ta sử dụng và sử dụng các sản phẩm chăm sóc cỏ có hàm lượng phốt phát thấp.
