Nguyên tố hydro có ba đồng vị khác nhau: proti, đơteri và triti. Mỗi đồng vị có một proton nhưng số neutron khác nhau. Hạt nhân proti có 0 nơtron, hạt nhân đơteri có 1 nơtron và hạt nhân triti có 2 nơtron.
Cho đến nay, proti là đồng vị phổ biến nhất, với hơn 99% tổng lượng hydro trong khí quyển là proti. Deuterium là phổ biến thứ hai. Nó được sử dụng như một phần của oxit deuterium trong các lò phản ứng hạt nhân. Triti là đồng vị phóng xạ duy nhất của hydro và nó được tạo ra bởi các lò phản ứng hạt nhân, cũng như là một phần của bom hydro.
