Nhiều hoạt động của con người gây ra ô nhiễm, phá hủy môi trường sống và biến đổi khí hậu, tất cả đều phá hủy hệ sinh thái. Theo Quỹ Động vật Hoang dã Thế giới, việc sử dụng thuốc trừ sâu và phân bón trong các trang trại đã tăng gấp 26 lần trong 50 năm qua, điều này đã gây ra thiệt hại ngày càng nhiều cho các dòng suối, sông, hồ và đại dương trên thế giới. Phân bón độc hại đối với nhiều loại sinh vật thủy sinh và chúng làm thay đổi tính chất hóa học của nước địa phương.
Một cách khác mà con người có thể gây hại cho hệ sinh thái là thông qua việc đưa các loài không phải bản địa vào. Liên đoàn Động vật Hoang dã Quốc gia cho rằng các loài xâm lấn lây lan qua việc buôn bán vật nuôi, trên thuyền và cùng với các loại cây cảnh nhập khẩu. Các loài xâm lấn này có thể thay thế các loài bản địa, làm thay đổi sự cân bằng của hệ sinh thái. Các loài xâm lấn có nhiều dạng, từ các loài cá lớn, chẳng hạn như cá chép châu Á, đến các vi rút cực nhỏ, chẳng hạn như vi rút Tây sông Nile.
Xử lý chất thải rắn không đúng cách có thể gây ra một số vấn đề đối với hệ sinh thái dưới nước. Quỹ Động vật Hoang dã Thế giới giải thích rằng lượng nhựa tích tụ lớn có thể hình thành trong đại dương, có thể giải phóng các hóa chất độc hại trong nước, làm hỏng các rạn san hô hoặc gây hại cho động vật vô tình ăn phải.
Ô nhiễm không khí cũng gây hại cho các hệ sinh thái tự nhiên. Theo Quỹ Động vật Hoang dã Thế giới, mưa axit gây ra khi con người thải ra khí sulfur dioxide trong không khí, cũng có hại cho môi trường sống tự nhiên của thế giới.
