Hệ sinh thái tự nhiên là một hệ sinh thái diễn ra như bình thường mà không có sự tác động của con người. Thuật ngữ “hệ sinh thái” dùng để chỉ tất cả các loài thực vật, động vật, nấm, động vật nguyên sinh, vi khuẩn và các sinh vật khác sống trong cùng một khu vực. Tất cả các loài khác biệt này đều có chung cuộc sống có mối liên hệ chặt chẽ với nhau và theo nhiều cách, hoạt động như một đơn vị.
Ví dụ về hệ sinh thái tự nhiên bao gồm rừng mưa nguyên sinh, sa mạc và đáy đại dương, còn được gọi là đồng bằng sâu thẳm. Những hệ sinh thái này phần lớn đã tránh được bàn tay của con người, cho phép chúng tồn tại lâu dài trong trạng thái tự nhiên trong lịch sử. Tuy nhiên, giống như tất cả các hệ sinh thái, những môi trường sống nguyên sơ này phát triển và thay đổi theo thời gian, bất kể con người có sinh sống ở đó hay không.
Nhiều môi trường sống phần lớn là tự nhiên, nhưng có một số dấu vân tay của con người. Ví dụ, những khu rừng hẻo lánh ở miền đông Hoa Kỳ đã được khai thác cách đây khoảng 100 đến 200 năm, nhưng phần lớn chúng đang trở lại dạng nguyên thủy, hoang sơ. Nhiều môi trường sống trên đồng cỏ ở Trung Tây đã trải qua quá trình phá hủy và đổi mới tương tự.
Một số môi trường sống, chẳng hạn như bãi rác hoặc khu vực ngoại ô, thể hiện sự đối lập với môi trường sống tự nhiên. Thay vì bị con người tác động, những loại môi trường sống này chỉ tồn tại do con người tạo ra chúng. Tuy nhiên, chúng vẫn hoạt động như những đơn vị số ít khi được xem xét trong bối cảnh sinh thái.
