Vương quốc Monera bao gồm vi khuẩn và vi khuẩn lam. Hệ thống phân loại thay đổi khi các công nghệ như giải trình tự DNA cung cấp thông tin mới về mối quan hệ giữa các sinh vật. Hệ thống ba miền bao gồm Vi khuẩn, Archaea và Eukarya đã thay thế hệ thống năm vương quốc, và Monera đã lỗi thời.
Một hệ thống phân loại chức năng phân chia các sinh vật theo loại tế bào của chúng chứ không phải bộ gen của chúng. Vi khuẩn thuộc nhóm sinh vật nhân sơ, được phân biệt bằng cách thiếu nhân và các bào quan có màng trong tế bào của chúng. Hầu hết sinh vật nhân sơ là sinh vật đơn bào chỉ có thể nhìn thấy dưới kính hiển vi. Sinh vật nhân thực bao gồm sinh vật nguyên sinh, nấm, thực vật và động vật. Archaea là sinh vật nhân sơ có chung một số đặc điểm với sinh vật nhân thực, bao gồm các gen tương tự.
