Có một số điểm khác biệt chính giữa tế bào thực vật và động vật, chẳng hạn như cấu trúc thành tế bào, sự hiện diện hoặc không có plastids, lysosome và trung tâm và hình dạng của không bào. Những đặc điểm này là những khác biệt cơ bản và rõ ràng nhất giữa tế bào thực vật và động vật. Tuy nhiên, chúng chỉ tồn tại ở những sinh vật được phân loại là sinh vật nhân chuẩn và chủ yếu xuất hiện ở các bào quan trung tâm.
Cấu trúc thành tế bào khác nhau đáng kể giữa tế bào thực vật và động vật. Trong tế bào thực vật, vách có hình dạng nhưng thiếu cấu trúc cứng và xác định rõ ràng; các nhà sinh vật học gọi đây là những bức tường gần như hiện nay. Mặt khác, tế bào động vật không có thành tế bào bên ngoài màng tế bào. Trong tế bào thực vật, plastids nằm trong tế bào chất trong khi tế bào động vật thiếu plastids. Hầu hết các tế bào động vật đều chứa lysosome, nằm chủ yếu trong tế bào của chúng. Tế bào thực vật thường không có lysosome; nếu chúng có, những cấu trúc đó cũng nằm trong tế bào của chúng. Các bào quan được gọi là trung tâm xuất hiện trong một số tế bào thực vật, nhưng chỉ được tìm thấy trong tế bào của các giống thực vật bậc thấp. Tuy nhiên, trung tâm được tìm thấy trong tất cả các tế bào động vật. Sự khác biệt cơ bản cuối cùng giữa tế bào thực vật và động vật là tất cả các tế bào thực vật đều chứa các cấu trúc gọi là không bào, chứa đầy nhựa cây giống như gel. Một số tế bào động vật cũng chứa không bào; nếu có, những không bào đó là tạm thời hoặc nhỏ và co lại.
