Việc đặt tên vi khuẩn được thực hiện theo hệ thống nhị thức do Carl Linnaeus giới thiệu. Một loại vi khuẩn có tên chi, cho biết chi mà nó thuộc về và là biểu mô của loài. Văn bia xác định các đơn vị cấp dưới trong một chi. Tên chi và biểu mô loài cùng nhau tạo thành tên khoa học, hoặc tên loài, của vi khuẩn. Tên được hình thành bằng cách sử dụng các từ Hy Lạp Latinh hoặc Latinh hóa.
"Quy tắc Danh pháp Quốc tế của Vi khuẩn" là cuốn sách chứa các quy tắc quốc tế nghiêm ngặt về việc đặt tên cho vi khuẩn. Trước khi chấp nhận tên đề xuất của một loài vi khuẩn, các quy tắc yêu cầu phải xuất bản một bài báo khoa học về loài đó và sự chấp thuận của bài báo đó bởi một ủy ban phân loại quốc tế. Tên khoa học luôn được viết nghiêng. Việc đặt tên cho một chi vi khuẩn thường được đơn giản hóa bằng cách sử dụng những cái tên tầm thường, không được viết nghiêng hoặc viết hoa chữ cái đầu tiên. Lactobacilli, staphylococci, mycobacteria, salmonella và streptococci là một số cái tên tầm thường. Không bao giờ sử dụng tên tầm thường của một chi hoàn chỉnh để chỉ một loài vi khuẩn cụ thể. Đôi khi việc phân chia một loài vi khuẩn thành các phân loài là điều cần thiết. Một biểu mẫu phân loài được sử dụng để giới thiệu một phân loài. Biểu tượng được chỉ định bằng cách viết ssp. hoặc subsp. trước mặt nó.
