Tác dụng phụ của sữa chua Activia không phổ biến ở hầu hết mọi người, nhưng một số người tiêu dùng gặp phải các vấn đề như khó chịu ở bụng, đầy hơi, hội chứng ruột ngắn, đầy hơi, thừa đường và có thể tăng nguy cơ ung thư. Activia yaourt là thương hiệu sữa chua do Dannon Inc. sản xuất và đã được Cục Quản lý Thực phẩm và Dược phẩm Hoa Kỳ chấp thuận về mức độ an toàn của sản phẩm khi ăn vào.
Khó chịu ở bụng có thể xảy ra với sữa chua Activia vì nó có chứa vi khuẩn lành mạnh được gọi là Bifidus Regularis, là một loại lợi khuẩn độc quyền, cũng như các vi khuẩn probiotic khác. Ở một số người, những chế phẩm sinh học này có thể gây khó chịu cho dạ dày. Một số người cũng sẽ bị đầy bụng sau khi ăn sữa chua Activia hoặc có thể thấy rằng họ có nhiều khí hơn bình thường do men vi sinh có trong sản phẩm.
Đối với những người mắc hội chứng ruột ngắn, không nên tiêu thụ các mặt hàng chứa probiotic; Sữa chua Activia có thể gây ra vấn đề ở những người này. Sữa chua Activia cũng có thêm các loại đường như fructose, có thể dẫn đến béo phì nếu tiêu thụ quá nhiều. Nó cũng có thể làm tăng nguy cơ ung thư vì thành phần chính trong sữa chua là sữa. Uống nhiều sữa hàng ngày đã được chứng minh là góp phần gây ra ung thư buồng trứng và ung thư tuyến tiền liệt.