Một nguyên tố là mô tả của một loại nguyên tử, vì vậy một nguyên tử là đại diện của một nguyên tố nhưng không phải là bản thân một nguyên tố. "Một nguyên tử" dùng để chỉ một thực thể vật chất; "một phần tử" dùng để chỉ một loại nguyên tử.
Nguyên tử được xác định bằng số proton mà chúng chứa trong hạt nhân của chúng. Nguyên tố hydro dùng để chỉ các nguyên tử chứa một proton, trong khi nguyên tử heli có hai. Một đồng vị được xác định bởi có bao nhiêu neutron trong hạt nhân, và các phân tử được mô tả bằng những nguyên tử mà chúng chứa. Ví dụ, nước chứa một nguyên tử oxy và hai nguyên tử hydro, vì vậy tên khoa học của nó là dihydrogen monoxide.
