Các loại sinh vật nguyên sinh, là sinh vật nhân chuẩn, không phải động vật, nấm hoặc thực vật bao gồm euglenoza, alevolates, stramenopiles, tảo đỏ, nấm nhầy và choanoflagellates. Nhóm alevolate bao gồm ciliates, sporozoans và tảo hai lá mầm. Nhóm nấm mốc bao gồm tảo cát, tảo vàng, tảo lục và nấm mốc nước.
Euglenoza, sinh vật đơn bào bơi nhờ trùng roi đơn, bao gồm Euglena cũng như Trypanosoma brucei. Các sinh vật nguyên sinh có lông mao, di chuyển bằng cách đập vào các lông mao của chúng, bao gồm Paramecium, Stentor, Vorticella và Tetrahymena thermophila. Sporozoans bao gồm chi Plasmodium, vi khuẩn gây ra bệnh sốt rét đe dọa tính mạng. Các loài tảo đơn bào bao gồm khoảng 1.000 loài sinh vật nguyên sinh và là nguyên nhân hình thành thủy triều đỏ độc trong môi trường biển. Tảo cát là chất sản xuất chính trong môi trường thủy sinh và là cơ sở chính cho chuỗi thức ăn thủy sản. Tảo vàng bao gồm hơn 1.000 loài sinh vật đơn bào chủ yếu được tìm thấy ở nước ngọt. Tảo nâu bao gồm rong đá và tảo bẹ hầu hết được tìm thấy trong môi trường nước mặn. Một số nấm mốc nước, chẳng hạn như Saprolegnia, là ký sinh trùng của cá gây ra vấn đề cho các trại sản xuất cá giống. Tảo đỏ bao gồm khoảng 6.000 loài sinh vật nguyên sinh hầu như chỉ có ở biển. Khuôn chất nhờn có thể là dạng tế bào hoặc dạng tế bào. Choanoflagellates là sinh vật đơn bào dưới nước có một roi đơn bào được bao quanh bởi một vòng vây của vi nhung mao.
