Bánh pho mát phải được bảo quản trong tủ lạnh vì nó chứa các thành phần nhanh hỏng như trứng và kem pho mát. Bánh pho mát thường chứa các sản phẩm từ sữa khác như kem chua hoặc sữa, cũng sẽ hư hỏng khi không được bảo quản đúng cách. Luôn đặt bánh pho mát trở lại tủ lạnh sau khi được phục vụ.
Thông thường, một chiếc bánh pho mát mới làm hoặc đóng gói có thể để trong tủ lạnh từ sáu đến bảy ngày. Tuy nhiên, bánh pho mát có thể để được lâu đến bảy tháng trong tủ đông. Cheesecake cần được đậy kín khi đặt trong tủ lạnh vì hơi ẩm và các chất bẩn khác có thể làm giảm thời gian bảo quản của bánh.
