Nên sử dụng trứng ngâm trong vòng ba đến bốn tháng sau khi chúng đã sẵn sàng để ăn. Trứng ngâm rất dễ hỏng và nên được bảo quản trong tủ lạnh mọi lúc. Vì lý do an toàn, nên để trứng ngâm trong tủ lạnh cho đến khi đến giờ phục vụ.
Ở nhiệt độ phòng, trứng ngâm có thể ăn được trong tối đa hai giờ trong nhiệt độ phòng từ 40 độ đến 140 độ F. Khi chuẩn bị trứng để ngâm, người nấu nên đảm bảo tất cả trứng được làm sạch và nấu chín. Vệ sinh sạch sẽ là điều cần thiết để tránh ngộ độc, đó là lý do tại sao các lọ ngâm muối được khử trùng trước. Trứng nhỏ phải mất đến hai tuần để hấp thụ hương vị từ các loại gia vị ngâm chua. Trứng vừa và lớn đủ gia vị để ăn trong vòng hai đến bốn tuần.
