Vi khuẩn kỵ khí không dung nạp là sinh vật chịu được sự hiện diện của ôxy nhưng không cần ôxy để phát triển . Thay vào đó, vi khuẩn kỵ khí ưa khí sử dụng quá trình lên men để tồn tại. Một sinh vật điển hình là lactobacillus, một loại vi khuẩn sống trong ruột của con người và cũng được sử dụng để sản xuất sữa chua.
Quá trình lên men liên quan đến việc chuyển đổi đường thành axit, đường và /hoặc etanol, như một cách hình thành năng lượng. Có nhiều con đường lên men được sử dụng, phổ biến nhất là thông qua axit lactic. Các loại nấm như nấm men có xu hướng sử dụng quá trình lên men ethanol. Quá trình này giải phóng ít năng lượng hơn so với phương pháp hiếu khí, vì nó dựa vào việc tái tạo ATP từ ADP.
