Có nhiều loại vi khuẩn khác nhau và mỗi loại có tên khoa học riêng. Trong hệ thống phân loại khoa học dành cho sinh vật, vi khuẩn thuộc vương quốc Monera. Các thành viên của nhóm này thiếu một hạt nhân đích thực.
Mỗi vi khuẩn riêng lẻ có một tên khoa học. Theo Khoa Bệnh học của Đại học Oregon, hầu hết các vi khuẩn có thể được phân loại thành một trong ba hình dạng; "coccus" dùng để chỉ vi khuẩn hình cầu, "bacillus" dùng để chỉ vi khuẩn hình que và spirillum dùng để chỉ vi khuẩn xoắn ốc.
Một số vi khuẩn sống đơn lẻ, trong khi các loại khác được nhóm lại. Vi khuẩn trong các tập hợp được phân loại dựa trên sự sắp xếp; "diplo" đề cập đến một bộ hai, "liên cầu" đề cập đến một chuỗi và "staphylo" đề cập đến một cụm.
Các bộ phận khác của tên vi khuẩn đến từ vùng cơ thể bị ảnh hưởng. Ví dụ: "khí phổi" dùng để chỉ phổi, vì vậy Streptococcus pneumoniae dùng để chỉ vi khuẩn hình cầu được nhóm lại thành chuỗi và ảnh hưởng đến phổi, còn được gọi là viêm phổi.
