Tế bào vi khuẩn có các bào quan, mặc dù nói chung chúng có số lượng ít hơn và ít phức tạp hơn so với các bào quan được tìm thấy ở thực vật và động vật. Thông thường nhất, vi khuẩn chứa ribosome. Các bào quan này bao gồm các hạt giàu RNA nằm trong tế bào chất và là nơi tổng hợp protein.
Tế bào vi khuẩn được cấu tạo khác với tế bào của thực vật và động vật. Chúng thiếu nhân và hầu hết các bào quan có màng khác, ngoại trừ ribosome. Tế bào vi khuẩn có một thể đáy cho phép nó xoay, và hầu hết đều có màng ở bên ngoài thành tế bào. Tế bào vi khuẩn chứa DNA nằm trong tế bào chất.
Các bào quan khác có thể bao gồm trùng roi và pili. Trùng roi của vi khuẩn được sử dụng để di chuyển. Pili cho phép vi khuẩn chuyển DNA và bám vào các bề mặt.
