Một số ví dụ về protein đơn giản là histon, globulin, glutelin, albuminoid và albumin. Khi những protein này bị phân hủy hóa học với nước thông qua quá trình thủy phân, chúng thường chỉ phân hủy thành các axit amin. Đôi khi, chúng cũng được phát hiện có chứa các hợp chất carbohydrate nhỏ.
Histone là những protein hỗ trợ DNA cô đặc để nó có thể nằm gọn bên trong nhân dưới dạng nhiễm sắc thể. Một số histon nhất định đóng vai trò là cấu trúc giống như ống chỉ mà DNA cuộn xung quanh. Những protein này mang điện tích dương, giúp chúng bị thu hút bởi DNA tích điện âm.
Globulin là các protein đơn giản bao gồm các kháng thể được gọi là gamma globulin, các enzym và các protein vận chuyển. Mức độ globulin thấp khi xét nghiệm máu có liên quan đến các tình trạng như thận hư, rối loạn chức năng gan và thiếu máu tán huyết cấp tính. Ngược lại, nồng độ globulin tăng cao có thể báo hiệu nhiều bệnh lý, một số bệnh bao gồm nhiễm ký sinh trùng, viêm khớp dạng thấp, rối loạn chức năng thận, bệnh bạch cầu và một số bệnh nhiễm trùng do vi khuẩn và vi rút.
Không giống như các protein đơn giản, protein liên hợp chứa cả axit amin và các thành phần không phải protein. Nucleoprotein, phosphoprotein, lecithoprotein và glycoprotein là một vài ví dụ về protein liên hợp. Trong khi đó, một protein có nguồn gốc được hình thành thông qua sự thay đổi vật lý hoặc hóa học của protein đơn giản hoặc liên hợp. Peptide và protein biến tính thuộc loại protein có nguồn gốc này.
