Một ví dụ về mối quan hệ ký sinh ở các rạn san hô bao gồm động vật giáp xác thuộc bộ Copepoda hoặc Isopoda, chúng bám vào cá trong các rạn san hô, đôi khi gây hại nhưng những lúc khác chỉ đơn giản là bám và ăn các mảnh thức ăn trôi nổi chúng. Các rạn san hô có các sinh vật cùng tồn tại trong một số mối quan hệ khác nhau, bao gồm cả ký sinh, nhưng cũng cộng sinh, cạnh tranh, tương sinh và tương hỗ.
Trong khi một số ký sinh trùng không gây hại cho vật chủ của chúng, những ký sinh trùng khác thì có. Ectoparasites vẫn bám chặt vào vật chủ của chúng, lấy đi nguồn dinh dưỡng quan trọng; tuy nhiên, đây không phải là mối liên hệ duy nhất giữa các sinh vật trong môi trường rạn san hô.
Chủ nghĩa tương hỗ đề cập đến sự cộng sinh có lợi cho cả hai loài. Một ví dụ là mối quan hệ giữa cua Boxer và một số loài hải quỳ. Con cua kẹp chặt hải quỳ trong móng vuốt của nó để các xúc tu châm chích của hải quỳ giữ cho những kẻ săn mồi ở lại; hải quỳ có lợi khi ăn thức ăn thừa của cua.
Commensalism đề cập đến sự cộng sinh trong đó một loài bảo vệ loài khác, chẳng hạn như mối liên hệ giữa hải quỳ và cá hề. Cá hề nằm trong các xúc tu của hải quỳ, được phủ một lớp chất nhầy để vết đốt từ hải quỳ không ảnh hưởng đến chúng. Các loài động vật khác, chẳng hạn như tôm và cua, tìm kiếm nơi trú ẩn trong hải quỳ trong khi không bao giờ phải rời khỏi sự an toàn tương đối của các xúc tu.
Cạnh tranh đề cập đến trạng thái mà các loài đang tranh giành tài nguyên. Khi dân số tăng lên, cạnh tranh cũng vậy, dẫn đến sự điều chỉnh về dân số khi những người trẻ tuổi chết đi và sinh sản chậm lại.
