Ví dụ về hô hấp kỵ khí bao gồm khử nitrat, khử nitrat, khử sunfat và khử cacbonat. Tất cả các phương pháp này đều sử dụng chất nhận điện tử không phải ôxy và có hệ thống vận chuyển điện tử liên kết màng. Các cơ chế kỵ khí này cũng tổng hợp adenosine triphosphate, hoặc ATP, thông qua ATP synthase.
Trong quá trình khử nitrat, các sinh vật sử dụng nitrat thay vì oxy làm chất nhận điện tử cuối cùng. Vì quá trình này không hiệu quả, các sinh vật sử dụng quá trình khử nitrat chỉ làm như vậy trong những trường hợp khi lượng oxy có sẵn nhiều hơn đáng kể so với nitrat. Quá trình khử nitơ là một quá trình liên quan cho phép sinh vật khử nitrat hơn nữa, có thể nhận thêm tối đa sáu điện tử, thành khí nitơ. Các sản phẩm phụ độc hại của quá trình khử nitơ được sinh vật điều chỉnh cẩn thận trong một quá trình phức tạp liên quan đến một số lượng lớn các gen. Do sự phức tạp của quá trình khử nitơ, rất ít sinh vật có khả năng sử dụng nó. Quá trình khử nitơ cũng có ảnh hưởng đến chu trình nitơ toàn cầu, vì hầu hết các loài thực vật không thể sử dụng khí nitơ và thay vào đó dựa vào nitrat từ đất.
Quá trình khử sunfat được sử dụng bởi các sinh vật sống trong môi trường hoàn toàn không có oxy. Tám điện tử được thêm vào sunfat, thường trở thành hydro sunfua. Với năng lượng thậm chí còn thấp hơn nitrat, quá trình khử sunfat chỉ tạo ra đủ năng lượng để tổng hợp ATP. Khí hydro và các axit hữu cơ nhỏ, chẳng hạn như axetat và lactat, là những chất khử sunfat phổ biến. Quá trình khử cacbonat là tương đối kém hiệu quả, nhưng cacbonat là phổ biến trong tự nhiên. Quá trình kỵ khí này được cho là một trong những quá trình lâu đời nhất, vì nó đã được các thành viên của Archaea sử dụng.
