Nấm đóng một vai trò thiết yếu trong hệ sinh thái. Chúng chịu trách nhiệm phân hủy các chất hữu cơ; Loại bỏ và tái chế chất hữu cơ trên mặt đất, do đó cung cấp chất dinh dưỡng và thức ăn cho cây trồng, theo Quỹ Bảo tồn Rừng nhiệt đới. Ngoài ra, nấm chịu trách nhiệm cố định nitơ trong đất.
Trong sinh quyển, nấm đóng một vai trò thiết yếu như là sinh vật phân hủy và tái chế chính các chất dinh dưỡng. Nấm có mặt và đóng vai trò này trong tất cả các môi trường sống trên Trái đất. Nếu không có nấm, thực vật sẽ mất đi nguồn dinh dưỡng chính của chúng, các chất hữu cơ được tái chế bởi nấm. Nấm cũng đóng vai trò tương hỗ với nhiều loại sinh vật khác.
Theo tạp chí Science, cố định nitơ là một đóng góp quan trọng khác của nấm trong hệ sinh thái. Sự cố định nitơ của nấm đã được chứng minh là đóng góp vào sinh khối của kiến cắt lá như một phần của mối quan hệ cộng sinh.Nấm được biết là hình thành mối quan hệ tương hỗ với vi khuẩn lam và tảo lục, do đó hình thành địa y. Mối quan hệ tương sinh tương khắc được hình thành với nhiều loại côn trùng khác nhau. Những đóng góp tích cực của những vi khuẩn và côn trùng này cho thấy vai trò thuận lợi của nấm trong sinh quyển.
Trong khi một số loại nấm gây bệnh cho người, một số loại nấm khác lại tác động tích cực và đáng kể đến khả năng sống sót của chúng ta bằng cách tái chế chất dinh dưỡng và sản xuất thức ăn thực vật từ đất và mùn.
