Các codon bắt đầu và dừng rất quan trọng vì chúng cho bộ máy tế bào biết nơi bắt đầu và kết thúc dịch mã, quá trình tạo ra protein. Mã số bắt đầu cũng thiết lập khung đọc của sợi DNA, chỉ ra rằng mỗi bộ ba sau điểm đó mã hóa cho một axit amin cụ thể.
Các codon bắt đầu và dừng được tìm thấy cả trên sợi DNA ban đầu trong nhân tế bào và trên sợi RNA thông tin đóng vai trò là khuôn mẫu protein. MRNA tương ứng với một gen cụ thể trên chuỗi DNA được tổng hợp trong nhân bằng cách sử dụng chuỗi antisense của DNA làm hướng dẫn cho trật tự của các codon. Sau đó, sợi mRNA này di chuyển đến ribosome trong nhân tế bào, nơi diễn ra quá trình lắp ráp protein.
Ở hầu hết các sinh vật, codon khởi đầu duy nhất là ATG, một bộ ba được tạo thành từ các gốc DNA adenine, guanine và thymine. ATG cũng mã hóa axit amin methionine khi được tìm thấy ở giữa gen. Trong khuôn mẫu mRNA, ATG được thay thế bằng AUG vì uracil cơ sở luôn xuất hiện thay cho thymine trong RNA.
Mã số dừng có ba dạng khác nhau: TGA, TAG và TAA. Trong RNA, ba codon này xuất hiện dưới dạng UGA, UAG và UAA. Không giống như codon bắt đầu, không có codon nào mã cho một axit amin.
