Papain là một chất làm mềm thịt hiệu quả vì nó cắt đứt các chuỗi protein làm cho thịt trở nên xơ và khó cắt. Enzyme phân cắt protein và tiêu hóa protein này sẽ phá vỡ các sợi và mô liên kết góp phần vào tính toàn vẹn về cấu trúc của thịt, do đó làm mềm thịt.
Các mô liên kết dẻo dai giúp quản lý căng thẳng cơ học mà các cơ phải chịu. Mỗi tế bào cơ có các sợi tạo nên cấu trúc của tế bào và giúp cơ co lại. Cấu trúc bên trong của sợi cơ là một mạng lưới phức tạp của các chuỗi protein dài, và các mô kết nối các tế bào cơ cũng chủ yếu là protein. Papain cắt các chuỗi protein dài thành các miếng ngắn hơn, giúp thịt trở nên mềm hơn.
Papain tương tự như enzyme bromelain có trong dứa. Cả hai đều là enzym phân giải protein, có nghĩa là chúng giúp tiêu hóa protein có trong thực phẩm. Hầu hết các loại thuốc làm mềm thịt thương mại đều chứa papain, bromelain hoặc cả hai. Papain tương tự như enzyme pepsin trong dạ dày, có tác dụng phân hủy protein từ thịt, trứng và sữa trong quá trình tiêu hóa.
Papain đóng một vai trò quan trọng trong các nghiên cứu khoa học ban đầu về cấu trúc protein thực vật. Nó được áp dụng cho các protein để phá vỡ chúng thành các mảnh nhỏ hơn để kiểm tra dễ dàng hơn. Người bản xứ Trung Mỹ đã sử dụng đặc tính làm mềm thịt của papain bằng cách gói lá đu đủ tươi để làm mềm nó.
