Nhân bản vô tính gây ra tranh cãi vì một số lý do, được phân loại rộng rãi là lo ngại về sự an toàn của con người và lo ngại về việc đối xử với động vật không đúng cách hoặc phi đạo đức. Nhân bản thu hút sự đề kháng của một số loài đối với việc thay đổi các quá trình sinh học nhằm nâng cao hoặc tạo ra một số đặc điểm nhất định, chẳng hạn như màu sắc tươi sáng hơn, kích thước lớn hơn hoặc lông mềm hơn. Một số người cho rằng những thay đổi này mâu thuẫn với các chuẩn mực sinh học và gây ra rủi ro bệnh tật cho con người và các động vật khác khi tiếp xúc với các sinh vật bị biến đổi gen.
Nhân bản thu hút sự chỉ trích trong bối cảnh sao chép động vật và thực vật và thậm chí còn gây ra nhiều lời chỉ trích hơn khi áp dụng cho con người. Trong khi một số nhà nghiên cứu và nhà khoa học ca ngợi việc nhân bản trong việc loại bỏ một số bệnh và tạo điều kiện cho việc chủng ngừa, những người khác lại cho rằng khả năng kháng bệnh và phát triển các bệnh dị ứng mới là những điểm ngược lại. Ví dụ, một số nhà nghiên cứu tin rằng uống sữa của động vật nhân bản, được tăng cường chất dinh dưỡng và kháng sinh, có thể kiểm soát sự lây lan bệnh tật ở các khu vực nghèo khó, chứng tỏ hiệu quả hơn và ít tốn kém hơn so với tiêm chủng truyền thống.
Những người khác, chẳng hạn như những người ủng hộ quyền lợi động vật, cảnh báo rằng những động thái này là thử nghiệm và không dựa trên các nghiên cứu khoa học kéo dài nhiều năm, điều này đặt ra câu hỏi về sự an toàn. Việc nhân bản bị một số nhà sinh vật học chỉ trích vì lo ngại rằng việc lựa chọn và thay thế gen nhân tạo cuối cùng sẽ làm thay đổi một số loài, khiến chúng có nguy cơ bị đột biến, khuyết tật và thậm chí là tuyệt chủng do sự biến đổi gen giảm dần theo thời gian.
