Chuối thường gây khó tiêu nếu chúng được ăn sống trước khi chúng chín hoàn toàn. Quá trình chín là cần thiết để chuyển đổi tinh bột khó tiêu trong trái cây thành đường tiêu hóa. Chuối cũng chứa nhiều chất xơ, có thể gây khó tiêu cho những người không thường xuyên ăn thực phẩm giàu chất xơ.
Mọi người thường bị khó tiêu sau khi ăn chuối vì họ đã ăn nhầm chuối chưa đủ chín để ăn sống. Khi chuối còn xanh và chưa nấu chín, chúng chứa nhiều tinh bột kháng mà cơ thể không thể tiêu hóa hoặc hấp thụ. Việc tiêu thụ tinh bột này sẽ gây ra quá trình lên men dư thừa trong ruột, dẫn đến tăng sinh độc tố và khí.
Theo Don Bennett, một Chuyên gia về Phòng tránh Dịch bệnh, để tránh khó tiêu và đạt được những lợi ích về năng lượng và chất chống oxy hóa cao nhất từ chuối, trái cây nên được ăn khi có màu vàng hoàn toàn với một số đốm nâu hoặc đen. Tinh bột kháng trong trái cây sẽ chuyển hóa thành đường tiêu hóa vào thời điểm chuối chín tới giai đoạn này.Những người không ăn nhiều thực phẩm giàu chất xơ cũng có thể thấy rằng chuối gây đầy hơi và chướng bụng. Giải pháp cho dạng khó tiêu này là tăng dần lượng chất xơ trong khẩu phần ăn, từ từ làm cho hệ tiêu hóa thích nghi với các loại thực phẩm giàu chất xơ hơn.