Nấm gây hại cho gỗ, mùa màng và các nguồn tài nguyên khác, đồng thời có thể gây ra các bệnh nghiêm trọng cho con người. Khi thực phẩm hoặc các sản phẩm khác bị nhiễm nấm, sản phẩm thường bị tiêu hủy.
Nấm là nguyên nhân gây ra nấm mốc trong nhà và các tòa nhà. Nấm mốc trong nhà thường phát triển ở những nơi có nước và có thể gây ra thiệt hại nghiêm trọng cho nhà cửa và công trình. Việc sửa chữa nấm mốc thường tốn nhiều thời gian và chi phí, đồng thời có thể phải sửa chữa đáng kể các công trình kiến trúc, đặc biệt là sau lũ lụt.
Tiếp xúc với nấm mốc trong nhà có thể gây ra các bệnh từ các triệu chứng nhẹ, chẳng hạn như kích ứng hệ hô hấp, nhưng các loại nấm khác có thể gây bệnh nghiêm trọng cho người và động vật. Ví dụ, những người có hệ thống miễn dịch bị tổn hại có thể phát triển bệnh đe dọa tính mạng sau khi tiếp xúc với một số loại nấm, chẳng hạn như bào tử nấm Histoplasma.
Các loại nấm mốc trong nhà gây ra nhiều triệu chứng bao gồm kích ứng xoang, khó thở, đau đầu và kích ứng da. Ở những người rất trẻ, người già và các nhóm dân số dễ bị tổn thương khác, nghiên cứu liên kết nấm mốc với ung thư, rối loạn chảy máu và nhiễm độc thần kinh. Tuy nhiên, mức độ phơi nhiễm liên quan đến lâm sàng cần được nghiên cứu thêm và mức độ phơi nhiễm có thể chấp nhận được cần phải xác định thêm, kể từ năm 2015.
Aspergillus gây ra bệnh Aspergillosis. Nấm phổ biến ở lá thối rữa, đống ủ, ngũ cốc dự trữ và lá của cây cần sa. Mặc dù hiếm gặp ở những người khỏe mạnh, nhưng bệnh Aspergillosis thường xảy ra ở những người bị tổn thương phổi do các bệnh khác.
Khi cây lương thực bị nhiễm nấm, cây trồng phải được loại bỏ để ngăn ngừa bệnh tật cho người và động vật. Ô nhiễm nông sản có thể xảy ra ở bất kỳ giai đoạn sản xuất nào, nhưng ô nhiễm nấm phổ biến nhất khi thực phẩm được bảo quản không đúng cách sau khi thu hoạch. Phô mai, ngũ cốc, các loại hạt và trái cây tươi và rau quả có thể bị hư hỏng hoặc phá hủy bởi nấm. Nấm cũng có thể làm hỏng gỗ hoặc giấy khi bảo quản vật liệu không đúng cách.