Những ảnh hưởng lâu dài của cuộc chinh phục của Tây Ban Nha ở Châu Mỹ Latinh bao gồm việc tàn phá các nhóm dân bản địa và đàn áp ngôn ngữ, lịch sử và văn hóa của họ. Những người sống sót bị ảnh hưởng mạnh mẽ bởi ngôn ngữ, tôn giáo, nghệ thuật và kiến trúc Tây Ban Nha.
Một trong những tác động lâu dài nhất của cuộc xâm lược của Tây Ban Nha vào Châu Mỹ Latinh là sự mất mát nghiêm trọng của các nhóm dân bản địa. Một số thủ phạm chính là bệnh đậu mùa và các bệnh khác mà người bản xứ không có biện pháp phòng vệ. Ngoài ra, hệ thống encomienda cưỡng bức người dân địa phương làm nô lệ đã giết nhiều người bản địa hơn thông qua lao động khổ sai và nô lệ.
Các nhà lãnh đạo bản địa hiện tại đã bị giết hoặc bị tước bỏ quyền lực, khiến các xã hội bản địa không có các cấu trúc xã hội mà họ phụ thuộc vào. Các linh mục Tây Ban Nha đặt ra ngoài vòng pháp luật đối với tôn giáo và văn hóa địa phương, đồng thời đốt những cuốn sử đã viết, để lại một khoảng trống văn hóa. Kết quả là, các xã hội bản địa có dân số lên đến hàng triệu người trước cuộc chinh phục của Tây Ban Nha đã bị gạt ra ngoài lề hoặc bị xóa sổ.
Khi không có các lựa chọn thay thế bản địa, ngôn ngữ và văn hóa Tây Ban Nha trở nên thống trị ở Mỹ Latinh. Tiếng Tây Ban Nha trở thành ngôn ngữ chính ở nhiều nước Mỹ Latinh. Khi nó lần đầu tiên được giới thiệu, nhiều người Nam Mỹ bản địa đã kết hợp Công giáo La Mã vào các thực hành tôn giáo truyền thống của họ. Theo thời gian, tôn giáo Công giáo La Mã đã trở thành ảnh hưởng thần học chủ yếu ở châu Mỹ Latinh. Kiến trúc Tây Ban Nha hình thành nền tảng cho nhiều cấu trúc và quy hoạch thị trấn dựa trên cách bố trí quảng trường hoặc quảng trường thị trấn ở giữa một đô thị.
