Sự khác biệt giữa nguyên sinh chất và tế bào chất là nguyên sinh chất bao gồm tế bào chất và nhân của tế bào, trong khi tế bào chất là chất bán lỏng được tìm thấy bên dưới màng tế bào. Điều này có nghĩa là sự khác biệt là nhỏ , vì cả hai thuật ngữ đều có thể đề cập đến các thành phần gần như giống nhau của một ô với các mức độ chính xác khác nhau.
Protoplasm là một từ đã bị loại bỏ dần trong sinh học hiện đại do nguồn gốc phần lớn không chính xác của nó. Ngày nay, nó chỉ đề cập đến tế bào chất và nhân thay vì ngụ ý rằng các tế bào chỉ là vật chứa nguyên sinh chất. Khoa học hiện đại kể từ đó đã phát hiện ra rằng các tế bào phức tạp hơn nhiều.
Tế bào chất là chất chứa các bào quan của tế bào có nhân, bao quanh các bào quan như ty thể, bộ máy Golgi và bộ xương tế bào. Tất cả các thành phần này đều là một phần của tế bào giống như các sinh vật lớn có các cơ quan, thực hiện các chức năng quan trọng cho sự tồn tại của tế bào. Ví dụ, ty thể sản xuất năng lượng dưới dạng adenosine triphosphate để tế bào sử dụng, bộ xương tế bào duy trì hình dạng và cấu trúc của tế bào, và bộ máy Golgi sửa đổi, đóng gói và phân loại protein để vận chuyển đến các điểm đến tế bào của chúng sau này.