Sinh vật nguyên sinh sống ở hồ, sông, đại dương, ao hồ và trầm tích ẩm ướt. Vì là sinh vật cực nhỏ nên chúng có thể sống ở hầu hết mọi nơi trên thế giới có nước để hỗ trợ sự sống của chúng .
Một số nhóm sinh vật nguyên sinh phổ biến nhất có thể tìm thấy ở sông, hồ, đại dương và các vùng nước khác là:
Trùng roi: Chúng có kích thước nhỏ nhất khi so sánh với các sinh vật nguyên sinh khác. Chúng di chuyển bằng cách sử dụng roi có thể đưa chúng đến bất cứ nơi nào chúng muốn.
Các chi nhánh: Các chi nhánh di chuyển bằng cách sử dụng các đặc điểm giống như lông mịn thường được gọi là lông mao. Các lông mao khiến chúng bơi giỏi, mặc dù là loài lớn nhất trong số các nhóm sinh vật nguyên sinh khác nhau.
Sporozoa: Những sinh vật nguyên sinh này không thể tự di chuyển vì chúng không có bất kỳ đặc điểm nào để di chuyển. Sporozoa thường ký sinh trong tự nhiên và do đó dựa vào vật chủ để di chuyển. Chúng có khả năng bám vào các động vật như rùa và cá.
Heliozoans: Heliozoan được biết là sống trong các vùng nước ngọt như hồ chứ không phải đại dương. Chúng có đặc điểm là thiếu bộ xương và các giả amip cứng.
Các sinh vật nguyên sinh khác bao gồm amip và động vật ăn thịt phóng xạ.
