Những tác động tiêu cực của các cuộc Thập tự chinh bao gồm những thất bại lặp đi lặp lại của quân đội Cơ đốc giáo, tàn sát những người vô tội và cướp bóc Constantinople. Sự tàn phá của Constantinople đã cắt đứt mọi hy vọng hàn gắn cuộc phân ly Đông-Tây trong Cơ đốc giáo, và sự kiện này khiến Đế chế Byzantine trở nên dễ bị tổn thương trước Đế chế Ottoman.
Các vụ thảm sát trong cuộc Thập tự chinh lần thứ nhất xảy ra khi Bá tước Emicho dẫn đầu một chiến dịch dẫn đến việc sát hại những người Do Thái vô tội trên khắp Rhineland trong cuộc Thập tự chinh đầu tiên năm 1096. Điều này dẫn đến mối quan hệ căng thẳng giữa người Do Thái và Cơ đốc giáo. Quân đội Cơ đốc giáo cũng tàn sát hàng trăm người đàn ông, phụ nữ và trẻ em trên đường để chiếm Jerusalem.
Các đội quân Thiên chúa giáo đã phải chịu nhiều thất bại trong suốt các cuộc Thập tự chinh. Ví dụ, quân đội của Vua Louis VII của Pháp và Vua Conrad III của Đức đã bị đánh bại trong cuộc Thập tự chinh thứ hai dưới bàn tay của các đội quân Hồi giáo ở Damascus. Quân Thập tự chinh chiếm Jerusalem đã bị chinh phục bởi nhà cai trị Hồi giáo Saladin, điều này đã thúc đẩy cuộc Thập tự chinh lần thứ ba.
Việc cướp bóc Constantinople xảy ra trong cuộc Thập tự chinh lần thứ tư. Giáo hoàng Innocent III lật đổ Alex III của Byzantine để ủng hộ cháu trai của ông, người sau này trở thành Alexius IV. Alexius cố gắng áp đặt quyền lực của La Mã lên Byzantine đã vấp phải sự phản kháng, và sau đó ông bị giết. Thập tự chinh tuyên chiến với Constantinople, dẫn đến việc chinh phục và cướp bóc thành phố. Các nhà thờ cũng bị cướp phá và nhiều người đã thiệt mạng.
