Thomas Jefferson tin tưởng vào một hệ thống liên bang chủ yếu hỗ trợ quyền tự quản của các bang. Alexander Hamilton tin tưởng vào một chính phủ trung ương mạnh mẽ với quyền lực sâu rộng để đảm bảo quyền của người dân.
Hai người đàn ông cũng tập trung vào vấn đề tài chính và công nghiệp. Alexander Hamilton ủng hộ việc thành lập ngân hàng quốc gia và muốn hành động để khuyến khích tạo điều kiện cho ngành thương gia phát triển mạnh mẽ. Mặt khác, Thomas Jefferson tin rằng nền kinh tế Hoa Kỳ có thể tự duy trì thông qua các nỗ lực canh tác. Jefferson tin rằng ý tưởng về chính phủ của Hamilton quá giống với hệ thống quân chủ của Anh và bày tỏ mối quan ngại của mình với tổng thống lúc bấy giờ là George Washington. Alexander Hamilton bày tỏ quan ngại về những ý tưởng của Jefferson. Việc hai người đàn ông tham gia vào các vấn đề này đã dẫn đến việc hình thành các đảng chính trị đầu tiên trong chính phủ Hoa Kỳ và thiết chế một ứng cử viên phó tổng thống cho chiếc vé tổng thống. Cho đến thời điểm đó, người có nhiều phiếu bầu nhất trong một cuộc bầu cử trở thành tổng thống, và người có nhiều phiếu bầu thứ hai trở thành phó tổng thống. Thomas Jefferson tiếp tục trở thành tổng thống thứ ba của Hoa Kỳ. Năm 1804, Alexander Hamilton tham gia vào một cuộc đấu tay đôi khét tiếng chống lại Aaron Burr, cũng vì những khác biệt chính trị. Burr chết vì vết thương do súng bắn mà anh ta nhận được trong cuộc đấu tay đôi.
