Theo Bảo tàng Cổ sinh vật học của Đại học California, nấm có bốn phân loại chính: chytrid, nấm mốc bánh mì, nấm men và túi và nấm câu lạc bộ. Mỗi phân loại khác nhau chủ yếu theo phương pháp sinh sản hữu tính, vì tất cả các bộ phận nấm sử dụng sinh sản bào tử theo một cách hơi khác nhau.
Tên chính thức cho các phân loại này là: chytridiomycota (chytrids), zygomycota (mốc bánh mì), ascomycota (nấm men) và basidiomycota (nấm câu lạc bộ). Ngoài ra, có hai nhóm polyphyletic không được cộng đồng khoa học công nhận. Đó là deuteromycota (nấm vô tính không sinh sản hữu tính) và địa y (cộng sinh giữa nấm và tảo). Cùng với nhau, các nhóm này đều thuộc phân loại chính thức và không chính thức cho nấm.
