Nhược điểm của Dự án bộ gen người, hay HGP, bao gồm số lượng rủi ro liên quan đến các thủ tục và sự phân biệt đối xử đối với các đặc điểm cụ thể. Dự án này cũng đặt ra các vấn đề đạo đức cho tất cả mọi người được điều trị.
Các bậc cha mẹ tương lai, vào một thời điểm nào đó, có thể chọn những đặc điểm mà con họ sẽ sở hữu. Tính cách và tính cách, tầm vóc và kiểu cơ thể đều có thể được xác định và cho đến khi khoa học chắc chắn về tác dụng phụ, các vấn đề sức khỏe có thể phát sinh ở những người có DNA đã được giải trình tự cụ thể. Một bất lợi khác đối với HGP là khả năng nó được sử dụng như một loại phân biệt chủng tộc
