Tác dụng phụ không mong muốn của nước ép củ cải đường bao gồm tê liệt dây thanh quản tạm thời, nhiễm độc gan, tiêu chảy, nôn mửa, phân đỏ hoặc nước tiểu và tăng xu hướng sỏi thận hoặc mật. Nước ép củ cải đường được coi là siêu thực phẩm với nhiều lợi ích, nhưng tiêu thụ quá nhiều có thể gây ra những tác dụng phụ này.
Có nhiều cách để tiêu thụ nước ép củ cải đường và hạn chế nguy cơ tác dụng phụ. Ví dụ, kết hợp nước ép củ dền với nước ép cà rốt hoặc cần tây có thể làm giảm nguy cơ tê liệt dây thanh âm. Bởi vì nước ép củ dền được coi là một chất tẩy rửa mạnh mẽ, tiêu thụ một lượng lớn nó có thể thải độc tố vào gan mà gan không thể xử lý đầy đủ. Những người có bệnh lý về gan hoặc thận có thể muốn uống nước ép củ dền với một lượng rất nhỏ.
Tác dụng gây nôn mửa và tiêu chảy là do hiệu quả cô đặc của nước củ dền và tác động mạnh đến ruột. Nó được coi là cách chữa táo bón, nhưng những người có xu hướng đi tiêu lỏng hoặc mắc hội chứng ruột kích thích có thể thấy tình trạng này trở nên trầm trọng hơn khi dùng nước ép củ cải đường.
Hàm lượng oxalat cao trong nước ép củ cải đường làm tăng xu hướng kết tinh các khoáng chất của cơ thể, do đó làm tăng nguy cơ bị sỏi thận hoặc mật. Do có màu đỏ đậm, tự nhiên, nước ép củ dền có xu hướng làm phân và nước tiểu có màu đỏ. Điều này có vẻ đáng báo động, nhưng không nguy hiểm.