Một trong những điểm yếu quan trọng hơn của quân đội Liên minh là thiếu các tướng lĩnh có kinh nghiệm. Hầu hết các trường cao đẳng quân sự đều nằm ở các bang thuộc Liên minh miền Nam. Kết quả là Lincoln thấy mình chỉ huy các tướng lĩnh không thể tận dụng điểm yếu của quân đội Liên minh miền Nam.
Một bất lợi lớn khác mà miền Bắc phải gánh chịu là thực tế là họ đang xâm chiếm một lãnh thổ không xác định. Các tướng miền Nam biết bờ cõi, biết quấy phá quân Liên minh, ngược lại các tướng miền Bắc không rành địa bàn. Những người lính của miền Bắc cũng phải đối mặt với một kẻ thù có tinh thần rất cao vì họ đang bảo vệ nhà của họ. Cuối cùng, các mục tiêu của quân đội Liên minh, cả chính trị và quân sự, đều rất rộng và khó thực hiện hơn nhiều so với các mục tiêu của Liên minh.
Tất cả những gì các quốc gia Liên minh phải làm là tồn tại cho đến khi chiến tranh kết thúc, trong khi quân đội Liên minh phải xâm lược, chinh phục và sau đó khuất phục kẻ thù. Họ phải chiếm sông Mississippi từ miền Nam để cản trở các đường tiếp tế phía tây. Miền Bắc cũng phải cắt bỏ miền Nam với các thương nhân quốc tế và ngừng sản xuất vật tư chiến tranh của miền Nam. Cuối cùng, miền Bắc phải ngăn quân đội miền Nam xâm lược lên phía bắc để giảm bớt áp lực trước những tổn thất sớm của miền Bắc.
