Bộ lạc da đỏ Hupa đến từ California; bộ lạc tự coi mình là một trong những quần thể lâu đời nhất của California, định cư rất lâu trước khi những người tiên phong và thợ đánh bẫy người Mỹ đến Nam California vào năm 1828. Người da đỏ Hupa định cư ở thung lũng Hupa, một thung lũng sông tươi tốt và màu mỡ tiếp giáp với sông Trinity. Mặc dù nằm trong số những người định cư lâu dài sớm nhất, chính phủ Mỹ đã không chính thức công nhận quốc gia da đỏ Hupa cho đến năm 1876.
Sau khi tiếp xúc với người Hupa, chính phủ Hoa Kỳ đã thành lập Hiệp ước Hòa bình và Hữu nghị vào năm 1864. Tuy nhiên, họ đã không chính thức công nhận bộ tộc Hupa là một quốc gia riêng biệt cho đến khi họ ký hiệp ước với bộ tộc này vào năm 1876; Đạo luật này của Quốc hội cũng thiết lập ranh giới bộ lạc vật lý. Hiệp ước đó đã công nhận ngôn ngữ, phong tục và truyền thống riêng biệt của người Hupa, bảo tồn văn hóa của họ qua thời gian.
Mặc dù quốc gia Hupa vẫn ở một vị trí trung tâm, nhưng người Mỹ đã đổ xô về phía tây vào đầu những năm 1900. Số lượng người định cư ngày càng tăng đã gây áp lực lên đất đai và tài nguyên của California. May mắn thay, một tuyên bố của chính phủ, do Tổng thống Theodore Roosevelt bắt đầu vào năm 1909 và hoàn thành vào năm 1923, đã bảo vệ đất Hupa khỏi bị chiếm đoạt. Một Sắc lệnh hành pháp vào năm 1891 đã mở rộng ranh giới thực của quốc gia Hupa, tuyên bố khu vực này là Khu bảo tồn Thung lũng Hupa. Năm 1988, Tổng thống Ronald Reagan tái xác nhận quyền sở hữu của Hupa đối với đất Khu bảo tồn.
