Côn trùng bài tiết chất thải qua hậu môn, giống như hầu hết các loài động vật khác. Côn trùng có hệ tiêu hóa hoàn chỉnh, nghĩa là thức ăn di chuyển theo một hướng qua một ống liên tục, được gọi là ống tiêu hóa. Điều này trái ngược với các loài động vật có hệ tiêu hóa hai chiều, chẳng hạn như sao biển, hải quỳ và sứa. Hệ thống tiêu hóa hoàn chỉnh cho phép chuyên môn hóa các cấu trúc, khiến các nhà khoa học coi chúng tiên tiến hơn hệ thống hai chiều.
Côn trùng ăn thức ăn qua miệng, có cấu trúc khác nhau tùy theo loại thức ăn mà chúng ăn. Sau đó, thức ăn sẽ đi qua phần trước, nơi các tuyến nước bọt giúp bôi trơn món ăn. Nó tiếp tục được tiêu hóa khi nó di chuyển một cách nhẹ nhàng qua phần giữa và sau đó là phần sau. Trực tràng thoát ra phía sau của bụng thông qua một cấu trúc được gọi là hậu môn.
Côn trùng có hiệu quả với nước. Khi thức ăn đã tiêu hóa đi vào trực tràng, có tới 90% lượng nước được tái hấp thu để ngăn ngừa tình trạng mất nước. Thay vì sản xuất nước tiểu, côn trùng sử dụng một hệ thống cấu trúc gọi là ống Malpighian để loại bỏ chất thải nitơ khỏi cơ thể côn trùng. Các ống Malpighian lắng đọng các chất thải vào kênh nuôi cá, ở điểm giao nhau của chân giữa và chân sau. Sau đó, các chất thải sẽ được loại bỏ cùng với phân.
