I-ốt làm sạch nước bằng cách oxy hóa màng và các cơ quan của mầm bệnh sinh ra trong nước, làm đảo lộn các chức năng sinh học của chúng và khiến chúng chết. Xử lý bằng i-ốt là một cách nhanh chóng và tiết kiệm chi phí để vô hiệu hóa mầm bệnh trong nước ngọt để uống.
Iốt có độ âm điện cao, làm cho nó trở thành một chất oxy hóa đặc biệt. Màng và các bào quan của vi khuẩn bị nghi ngờ bị oxy hóa. Khi iốt phản ứng với các cấu trúc sống này, các hợp chất tạo nên các cấu trúc này bị ôxy hóa, trong khi nguyên tử iốt bị khử thành ion iốt âm, làm đảo lộn cân bằng ion của mầm bệnh, dẫn đến cái chết của chúng.
Iốt tiêu diệt nhiều mầm bệnh trong các nguồn nước ngọt tự nhiên. Đây là một cách không hoàn hảo nhưng nhẹ và hiệu quả để làm sạch nước uống trên đồng ruộng. Các cửa hàng cắm trại có bán bộ dụng cụ thanh lọc i-ốt bao gồm một viên thuốc i-ốt và chất trung hòa vị giác để loại bỏ mùi vị khó chịu mà quá trình thanh lọc i-ốt mang lại. Các chất trung hòa vị giác làm kết tủa iốt và nên được thêm vào sau khi cho iốt đủ thời gian để trung hòa các mầm bệnh sinh ra trong nước. Những chất trung hòa này bao gồm axit ascorbic và cacbon hoạt tính.
Iốt nhạy cảm với ánh sáng và phải luôn được bảo quản trong chai tối màu để tránh hư hỏng. Theo Thư viện Y khoa Quốc gia Hoa Kỳ, liều lượng i-ốt được khuyến nghị tối đa là 2 miligam mỗi ngày, trong khi thời gian sử dụng tối đa được khuyến nghị là ba tuần, theo Thư viện Y khoa Quốc gia Hoa Kỳ. Những người có vấn đề về tuyến giáp, đang sử dụng lithium hoặc đang mang thai nên tham khảo ý kiến bác sĩ trước khi sử dụng phương pháp lọc nước có i-ốt.
