Hệ vi sinh vật thoáng qua là những vi sinh vật không thường sống và sinh sản trong hoặc trên cơ thể người. Mặc dù những loại sinh vật này có thể xâm chiếm vật chủ và sinh sản trong thời gian ngắn, nhưng khả năng tự vệ của cơ thể người không cho phép chúng trở thành vĩnh viễn.
Có thể dễ dàng rửa sạch hệ vi sinh vật thoáng qua khỏi da. Ngược lại, hệ vi sinh vật bình thường không thể được làm sạch khỏi da trong quá trình rửa tay bình thường. Mối nguy lớn nhất do vi sinh vật thoáng qua gây ra là khả năng chúng xâm nhập vào cơ thể người và gây bệnh. Thông thường, vi sinh vật xâm nhập vào cơ thể con người thông qua các cổng xâm nhập tự nhiên hoặc các vết vỡ trên da.
