Mặc dù không phải mọi vi sinh vật đều nguy hiểm nhưng một số vi sinh vật có thể gây bệnh và nhiễm trùng cho con người và các sinh vật sống khác. các chất thải độc hại tồn tại ngay cả khi chúng đã được loại bỏ khỏi nguyên liệu bị ô nhiễm.
Trong một số trường hợp, vi sinh vật có thể có tác dụng hữu ích trong các quần thể nhỏ, nhưng sự phát triển quá mức có thể gây ra vấn đề. Ví dụ, vi khuẩn sống bên trong đường tiêu hóa của con người, khi được cân bằng bởi các vi khuẩn khác trong cơ thể, sẽ phục vụ một mục đích quan trọng trong quá trình tiêu hóa. Tuy nhiên, sự mất cân bằng các chất dinh dưỡng hoặc hệ thống miễn dịch suy yếu có thể tạo điều kiện cho các quần thể vi khuẩn phát triển, dẫn đến nhiễm trùng đường ruột và có khả năng mắc bệnh nguy hiểm.
