Đông lạnh thực phẩm hoặc các mặt hàng khác không tiêu diệt được tất cả vi khuẩn hoặc các vi sinh vật khác. Nhiệt độ đông lạnh có thể giết chết một số vi khuẩn và nhiệt độ lạnh ngăn vi khuẩn phát triển và sinh sôi miễn là nhiệt độ vẫn dưới mức đóng băng ; tuy nhiên, việc đưa thức ăn trở lại nhiệt độ phòng sẽ cho phép vi khuẩn thức dậy và bắt đầu sinh sôi một lần nữa.
Nấu chín thức ăn là một phương pháp giúp loại bỏ vi khuẩn. Các mức nhiệt khác nhau tiêu diệt các vi sinh vật khác nhau, đó là lý do tại sao thịt gà, thịt lợn và thịt bò phải được nấu chín ở nhiệt độ cụ thể để làm cho thực phẩm an toàn để ăn. Việc nấu nướng không phá hủy các chất độc do sự phát triển của vi khuẩn để lại, vì vậy chỉ cần nấu chín thực phẩm để ở nhiệt độ phòng quá lâu sẽ không làm cho thực phẩm an toàn khi ăn.
Một phương pháp khác để diệt vi khuẩn trên thực phẩm là loại bỏ nước cần thiết để vi khuẩn tồn tại. Ướp muối thực phẩm có thể làm thoát hơi ẩm, khiến thực phẩm không thể xâm nhập vào vi khuẩn. Khử nước và làm khô đông lạnh là các phương pháp khác để loại bỏ độ ẩm và bảo quản thực phẩm.
Vi khuẩn cũng không thích môi trường axit. Việc ngâm thực phẩm bao gồm việc bảo quản chúng trong bồn nước có tính axit và nếu độ axit thích hợp được duy trì, nó sẽ ngăn vi khuẩn xâm nhập vào thực phẩm hoặc phát triển miễn là môi trường vẫn được kiểm soát.
