Francesco Pizarro kết hôn với Ines Huaylas Yupanqui và có một người con tên là Francesca Pizarro Yupanqui. Ngày sinh của ông không chắc chắn nhưng được cho là từ năm 1471 đến 1476. Francesco Pizarro mất năm 1548 .
Francesco Pizarro là một đứa con ngoài giá thú. Cha anh là một người lính Tây Ban Nha và mẹ anh là một người hầu cận. Ông đã vươn lên trở thành một trong những người vĩ đại nhất trong số những người chinh phục Tây Ban Nha và là Hầu tước de la Conquista. Vào ngày 9 tháng 4 năm 1548, ông bị đánh bại khi chiến đấu chống lại lực lượng Tây Ban Nha do phó vương Pedro de la Gasca chỉ huy. Anh ta bị bắt và bị xử tử.