Theo các tài khoản lịch sử truyền miệng của Hidatsa, tên mẹ của Sacagawea là Otter Woman và cha của cô là Smoked Lodge. Thông tin này được cung cấp bởi Hidatsa tên Bulls Eye, người tự nhận là cháu của Sacagawea.
Không có nhiều thông tin về cuộc sống ban đầu của Sacagawea, ngoại trừ việc cô lớn lên như một phần của bộ tộc Shoshone và bị bộ tộc Hidatsa bắt cóc. Sacagawea sống giữa những người Hidatsa cho đến khi kết hôn với thương nhân người Canada gốc Pháp, Toussaint Charbonneau.
Bulls Eye phản bác những tuyên bố rằng Sacagawea là Shoshone và cáo buộc rằng cô ấy thực sự có nguồn gốc từ Hidatsa. Dù phiên bản nào là sự thật, không có thêm thông tin nào về cha mẹ của cô ấy.