Nhà khoa học người Pháp Henri Moissan đã phát hiện ra flo vào năm 1886 khi ông cho dòng điện chạy qua hydro florua, một hợp chất có chứa flo. Với khám phá của mình, ông đã giải được một câu đố đã dẫn đến thương tích và thậm chí tử vong trước đó Các nhà hóa học đang cố gắng cô lập khí halogen này, theo Hóa học giải thích.
Ở trạng thái khí, flo có tác dụng ăn mòn rất cao đối với các mô mềm bên trong hệ hô hấp. Những gợi ý đầu tiên về sự tồn tại của flo đến vào đầu thế kỷ 16, khi nhà khoa học người Đức Georgius Agricola đặt tên cho một khoáng vật là flo. Ông tuyên bố rằng việc thêm khoáng chất này vào quặng nóng chảy giúp quặng tăng tính thanh khoản và độ dẻo, theo Chemistry Explained.
Năm 1670 chứng kiến bước tiếp theo trong việc phân lập flo. Bằng cách trộn florit và axit, thợ cắt kính người Đức Heinrich Schwanhard phát hiện ra rằng ông có thể khắc hoa văn vào kính dễ dàng hơn, để lại một bức tranh mờ hấp dẫn. Etching được tìm thấy ứng dụng trong việc phát triển các công cụ đo lường chính xác cũng như nghệ thuật. Carl Wilhelm Scheele đặt tên cho sự kết hợp của flo và axit là "axit flohydric" (HF), theo Chemistry Explained.
Khám phá này đã bắt đầu một cuộc chạy đua để phân lập nguyên tố mới này. Hít phải khí hydro florua khiến các nhà hóa học nghiên cứu bị tàn tật và thậm chí tử vong, chẳng hạn như trường hợp của nhà khoa học người Bỉ Paulin Louyet. Bằng cách cho axit vào dung dịch kali và làm lạnh đến âm 23 độ C, Moissan đã có thể cho dòng điện chạy qua nó một cách an toàn. Khi một khí cô lập xuất hiện trong một mặt của thiết bị của mình, Moissan đã đặt tên cho khí đó là flo, theo Hóa học giải thích.