Enzyme hoạt động bằng cách tạo ra một vị trí để các phân tử liên kết với nhau hoặc tách rời được gọi là vị trí hoạt động. Khi một phân tử đi vào vị trí hoạt động, một phản ứng hóa học sẽ diễn ra. Tốc độ xảy ra phản ứng hóa học do tác dụng của enzim quyết định. Các enzym khác nhau nằm ở các khu vực khác nhau của cơ thể, với mỗi enzym chỉ hoạt động trên một loại phân tử.
Chức năng của enzym được kiểm soát bởi chất ức chế và chất hoạt hóa. Chất ức chế làm cho enzym làm chậm hoặc ngừng phản ứng. Chúng thay đổi hình dạng của enzym để nó không chấp nhận một phân tử hoặc để nó chấp nhận nó chậm hơn. Chất hoạt hóa ngược lại với chất ức chế. Chúng tăng tốc độ hoạt động của các enzym. Hormone thường được sử dụng để kích hoạt các enzym.
Enzyme có thể bị thay đổi bởi nhiệt độ và độ axit của môi trường. Mỗi enzym hoạt động tốt nhất trong một phạm vi nhiệt độ tối ưu. Nhiệt độ nằm ngoài phạm vi này có thể làm thay đổi hình dạng của enzym khiến nó không thể sử dụng được nữa. Mỗi enzyme cũng hoạt động trong một mức axit lý tưởng, được gọi là mức pH. Nếu một enzym được đặt trong một môi trường có độ pH sai, hình dạng của enzym sẽ thay đổi và nó không còn khả năng hoạt động.