Hiện tượng thời tiết được gọi là El Niño là do gió mậu dịch suy yếu trên Thái Bình Dương. Thông thường, nước ấm bị gió mậu dịch đẩy đến phía tây Thái Bình Dương, khiến nước lạnh dâng lên ở phía đông Thái Bình Dương. Gió yếu sẽ ức chế điều này, gây ra sự kiện El Niño.
Những cơn gió mậu dịch mạnh thường khiến nước biển sâu ngoài khơi bờ biển Nam Mỹ bị suy yếu trong sự kiện El Niño. Nguyên nhân chính xác của gió mậu dịch suy yếu vẫn chưa được biết rõ; tuy nhiên, các nhà khoa học đã nhận thấy sự dao động của nhiệt độ bề mặt nước ở Thái Bình Dương, được gọi là Dao động phương Nam El Niño.
Khu vực Thái Bình Dương xung quanh Indonesia thường được các nhà khoa học gọi là Bể nước ấm Thái Bình Dương. Thông thường, các vùng nước ấm hơn của Bể bơi ấm Thái Bình Dương bị gió mậu dịch đẩy về phía tây. El Niño được đặc trưng chủ yếu bởi sự suy yếu của hiện tượng này.
Các tác động của El Niño có thể được cảm nhận trên toàn thế giới, nhưng chủ yếu ảnh hưởng đến Nam Mỹ. El Niño thường dẫn đến gia tăng lượng mưa, giông bão, cá chết hàng loạt và, trong các sự kiện El Niño cực đoan, lũ lụt lớn. El Niño cũng gây ra sự thay đổi nhiệt độ trong các kiểu khí hậu khu vực trên toàn cầu. El Niño xảy ra trong các tháng 12, 1 và 2.