Yếu tố sinh học là các sinh vật sống ảnh hưởng đến một hệ sinh thái cụ thể và các mối quan hệ của chúng. Cá, ếch, cây nước, vi khuẩn và côn trùng là các yếu tố sinh học trong môi trường sống ở sông.
Các phép đo gián tiếp về các yếu tố sinh vật thiết lập thông tin có giá trị về môi trường và cư dân của nó. Nồng độ cao của chất diệp lục a trong cửa sông là một dấu hiệu cho thấy tảo nở hoa; số lượng tảo tăng đột biến nguy hiểm có thể dẫn đến cái chết của cư dân vùng cửa sông. Sự suy giảm đa dạng sinh học đánh dấu sự suy giảm sức khỏe của một hệ sinh thái.
Các yếu tố phi sinh học là những tác động không thể tồn tại đối với hệ sinh thái và bao gồm thời tiết, địa mạo, độ mặn của nước và các sự kiện địa chất. Các phép đo về mật độ đất, lượng nước sẵn có và số giờ có ánh sáng mặt trời cho biết khả năng tồn tại của thực vật và sự tồn tại của động vật phụ thuộc vào thực vật đó làm nguồn thức ăn. Các kiểu thời tiết khô hơn chuyển thành phần của môi trường sống sang các loài thân thiện với khô hạn.
Các nghiên cứu nhân tố sinh học và phi sinh học có tác động thương mại. Mối dưới lòng đất của Formosa gây ra thiệt hại lên đến 2 tỷ đô la mỗi năm ở Hoa Kỳ. Việc xác định giá trị của một địa hình cụ thể đối với mối cho phép các biện pháp phòng ngừa tập trung tại vị trí của nó. Ô nhiễm metyl thủy ngân từ một nhà máy than tích tụ trong các mô của cá và không chỉ gây thiệt hại cho ngành đánh bắt cá thể thao mà còn yêu cầu các quy trình mới để cảnh báo tiêu thụ thực phẩm không an toàn.
