Ba loại vi khuẩn khảo cổ mỗi loại sử dụng một loại phương pháp khác nhau để tạo ra ATP, bao gồm chuyển hóa metan thành ATP bởi methanogens, sử dụng hô hấp hiếu khí hoặc chuyển đổi năng lượng ánh sáng bởi các loài ưa khí và chuyển đổi năng lượng ánh sáng bằng cách chuyển hóa hydro sulfua để tạo ra ATP. Những loại vi khuẩn này được giữ trong một lớp riêng vì điều kiện chúng thường sinh sống. Vi khuẩn khảo cổ là những sinh vật sống lâu đời nhất được biết đến trên thế giới.
Methanogens là duy nhất trong thực tế là chúng không thể tồn tại trong môi trường oxy. Những vi khuẩn này chủ yếu được tìm thấy trong các khu vực như đầm lầy, nước thải và thậm chí cả ruột. Vi khuẩn thông thường không thể tồn tại ở những khu vực có hàm lượng muối cao, nhưng trong phân loại vi khuẩn khảo cổ học có một ngoại lệ. Halophile phát triển mạnh trong môi trường muối cao như Biển Chết hoặc Great Salt Lakes. Halophiles không giống như các loại khảo cổ khác có thể chuyển loại quá trình tạo năng lượng mà chúng sử dụng từ hô hấp hiếu khí sang quang hợp với một sắc tố gọi là bacteriorhodopsin. Các loài ưa nhiệt sống ở những nơi có độ chua và nhiệt cao. Chúng có thể tồn tại ở nhiệt độ lên tới 230 độ F, điều này khiến các miệng núi lửa và miệng phun thủy nhiệt là những khu vực lý tưởng để chúng phát triển mạnh mẽ. Dạng của chúng có thể chịu được độ pH thấp tới 2. Những loại vi khuẩn này, mặc dù có tính độc nhất nhưng được xếp vào nhóm prokryat.
